El 6 de abril de 2000 se publicó en la “Gaceta del Gobierno” del Estado de México, el Decreto del Ejecutivo del Estado por el que se creó el Consejo Mexiquense de Ciencia y Tecnología (COMECYT), como un organismo público descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propios, sectorizado a la entonces Secretaría de Educación, Cultura y Bienestar Social, el cual tenía como objeto impulsar la modernización integral de la entidad a través de la canalización de recursos públicos, privados e institucionales que permiten contar con una política propia en ciencia y tecnología, además de un sistema de organización y difusión de estas actividades.
Posteriormente, el 13 de diciembre de 2001 se publicó en el Periódico Oficial “Gaceta del Gobierno” el Decreto del Ejecutivo del Estado por el que se incorporó al Organismo en el texto del Libro Tercero del Código Administrativo del Estado de México; estableciendo que el Consejo Mexiquense de Ciencia y Tecnología es un Organismo Público Descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propios, que tiene por objeto promover y apoyar el avance científico y tecnológico a través de una vinculación estrecha entre los sectores productivos y sociales con los centros de investigación científica y desarrollo tecnológico de la Entidad.
No obstante lo anterior, el Consejo inició sus operaciones a finales de 2001 y su primera estructura de organización fue autorizada por la extinta Secretaría de Administración en enero de 2002, la cual se integró por ocho unidades administrativas (una Dirección General, tres unidades staff de Dirección General, una Contraloría Interna y tres Direcciones de Área). El 28 de junio de 2007, se publicó en el Periódico Oficial “Gaceta del Gobierno” la sectorización del Consejo Mexiquense de Ciencia y Tecnología a la Secretaría de Finanzas, y se actualizó la integración de su Órgano de Gobierno, de conformidad con las necesidades de operación de este organismo descentralizado y con base en las disposiciones legales que rigen la organización de la Administración Pública Estatal.
En agosto de 2007, la Secretaría de Finanzas autorizó una reestructuración administrativa al Consejo, la cual consistió en la formalización de la Secretaría Particular en la estructura orgánica, la creación de seis Unidades Administrativas y el cambio de denominación de cuatro, quedando conformado su organigrama por 15 Unidades Administrativas: una Dirección General, una Secretaría Particular, una Unidad de Apoyo Administrativo, una Contraloría Interna, una Unidad de Sistemas, una Unidad de Apoyo Jurídico, tres Direcciones de Área y seis Departamentos.
El Plan de Desarrollo del Estado de México 2017-2023 establece que para que la gobernabilidad sea efectiva, debe ser democrática y apegada a derecho; requiere que las instituciones estatales tengan las capacidades y los recursos necesarios para desempeñar cabalmente sus funciones y así responder de manera legítima y eficaz a las demandas que le plantea la sociedad.
El Plan señala que la actualización del Marco Jurídico aplicable a los órganos internos de control, permitirá dotarlos de la estructura necesaria para cumplir con sus nuevas responsabilidades en materia anticorrupción y que será posible inhibir y sancionar los actos de corrupción, conforme a la Ley de Responsabilidades Administrativas del Estado de México y Municipios, para lograr que las servidoras y los servidores públicos actúen con responsabilidad, transparencia y apego a la legalidad, así como mejorar la percepción ciudadana en la prevención y combate a la corrupción, mediante su participación en la verificación del quehacer gubernamental.
El 24 de abril de 2017, se publicaron en el Periódico Oficial Gaceta del Gobierno reformas a la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de México; y el 30 de mayo de 2017 a la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México; en esta última fecha también se expide la Ley de Responsabilidades Administrativas del Estado de México y Municipios y la Ley del Sistema Anticorrupción del Estado de México y Municipios, donde se establece la figura del Órgano Interno de Control como la unidad administrativa encargada de promover, evaluar y fortalecer el buen funcionamiento del control interno de los entes públicos, competente para aplicar las leyes en materia de responsabilidades de los servidores públicos, cuyos titulares dependen jerárquica y funcionalmente de la Secretaría de la Contraloría.
Posteriormente, el 10 de mayo de 2018 se publicó en el Periódico Oficial “Gaceta del Gobierno” el Decreto Número 309, por el que se reforman y adicionan diversas disposiciones de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México, la Ley de Acceso de las Mujeres a una Vida Libre de Violencia del Estado de México y la Ley de Igualdad de Trato y Oportunidades entre Mujeres y Hombres del Estado de México.
Así, la Secretaría de Finanzas autorizó en el mes de junio de 2018 un nuevo organigrama al Consejo Mexiquense, donde se modificó la denominación de la Contraloría Interna por Órgano Interno de Control, por lo que el organigrama de este organismo descentralizado quedó integrado por las mismas 15 unidades administrativas.
Asimismo, en julio de 2018 la Secretaría de Finanzas autorizó una reestructuración administrativa al COMECYT, la cual consistió en la creación de la Dirección Jurídica Administrativa y la eliminación de la Unidad de Apoyo Administrativo y la Unidad de Apoyo Jurídico; por lo que su estructura de organización pasó de 15 a 14 unidades administrativas.
El 25 de septiembre de 2018 se publicó en el Periódico Oficial “Gaceta del Gobierno” el Acuerdo por el que se reforman y derogan diversas disposiciones del Reglamento Interno del Consejo Mexiquense de Ciencia y Tecnología. El Artículo 13 de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México menciona que las dependencias del Ejecutivo y los organismos auxiliares deberán conducir sus actividades bajo el principio de igualdad de género, en forma programada y con base en las políticas, prioridades y restricciones que establezca el Gobierno del Estado; asimismo, promoverán que sus planes, programas y acciones sean realizados con perspectiva de género y crearán unidades de Igualdad de Género y Erradicación de la Violencia.
Por lo anterior, en marzo de 2019, la Secretaría de Finanzas autorizó una nueva estructura de organización al Consejo Mexiquense de Ciencia y Tecnología, la cual consistió en cambiar la denominación de la Dirección Jurídica Administrativa por Dirección Jurídico Administrativa y de Igualdad de Género, por lo que el nuevo organigrama del Consejo quedó integrado por las mismas 14 unidades administrativas.
Con esta estructura de organización, el Consejo Mexiquense de Ciencia y Tecnología da respuesta a sus programas de investigación científica y desarrollo tecnológico, permitiéndole llevar a cabo sus funciones sustantivas para el logro de sus objetivos institucionales.